Para cancelar un trabajo enviado usamos el comando qdel <jobid> como podemos ver en este ejemplo:
[hpuser@login ~]$ qsub ./mitrabajo.sh
Your job 181 ("MiTrabajo") has been submitted
[hpuser@login ~]$ qdel 181
hpuser has deleted job 181
Más información sobre las opciones de qdel podemos ver ejecutando:
$ man qdel