La importancia del abastecimiento de agua fue una preocupación constante para los pueblos de la Antigüedad, solventándose en El Molón con la construcción de una serie de aljibes o cisternas talladas en la roca natural del cerro, pudiendo mencionar, también, la existencia de una cueva-manantial situada a los pies de su ladera suroccidental, y de lagunas en las proximidades de la villa de Camporrobles, desecadas en época reciente. El Molón ha proporcionado dos cisternas en diferentes sectores del poblado y una tercera junto al acceso principal, a extramuros, lo que le confiere una evidente singularidad. La recurrente existencia de aljibes o cisternas confirma que se trata de un hábitat estable de cierta entidad acorde con sus espectaculares defensas y su superficie.
La estructura hidráulica localizada en la meseta oriental (Sector C), la única hallada totalmente colmatada, es de forma oval, con lados rectos y esquinas redondeadas, presentando unas dimensiones de 7,40 x 7,20 m, con una profundidad media de unos 2,5 m, alcanzando hasta 3 en la zona meridional, por lo que pudo albergar unos 200.000 litros de agua. Estaba delimitada en la zona norte por un muro de sillares, rodeada por una fosa de impermeabilización rellena de arcillas y margas, completado en el resto del perímetro por un muro mampostería cuyos restos aparecieron entre los niveles de abandono. Esta estructura rupestre consta de dos partes bien diferenciadas: la norte, donde la roca se ondula y rebaja de forma natural, formando suaves escalonamientos que se han trabajado someramente para crear regueros de alimentación, observándose igualmente las marcas de extracción de sillares, y la sur, más profunda y totalmente tallada en vertical, que ofrece su base rocosa recubierta por un nivel de arcilla amarillenta, cuya funcionalidad debió ser la de impermeabilizar el fondo. Esta estructura rupestre debe relacionarse con la fuerte remodelación del hábitat hacia el siglo IV a.C., manteniéndose en uso hasta la etapa final del asentamiento (siglo I a.C.).
Cerca de la puerta principal de la población, junto al camino, se localiza la otra cisterna identificada en el interior del poblado. Ofrece planta rectangular de 3 x 6 m y una profundidad media de 2,5 m, que aumenta hacia el sur, donde llega a superar los 3 m. Se hallaba colmatada sólo en parte, pudiendo por tanto haber estado en uso durante la ocupación islámica del cerro –a diferencia de la anterior, que albergaba construcciones de esta época en su interior-, aunque su obra prerromana no ofrece duda pues el camino de acceso al poblado, cortado bruscamente por la construcción del muro del albacar, que lo cubre, y en el que son observables las rodadas dejadas por los carros, discurre paralelo a ella.
La cisterna de mayor espectacularidad es el llamado “Pozo de los Moros”, situado junto al camino que conduce a la entrada principal del poblado, a extramuros, en la vertiente occidental del cerro. Parece haberse tallado a partir de una cavidad natural, pues en la parte más superficial de la misma apenas si se observan evidencias en la roca que muestren su modificación por parte de los constructores, lo que sí resulta claro a partir de unos pocos metros de profundidad. Presenta planta cuadrangular de 3 x 3 m, que aparece plenamente regularizada, mientras que en superficie mide entre 4 m (N-S) y 5 x 2,50 (E-O), dada su forma trapezoidal. Ofrece una profundidad que supera los 20 m, sin que se haya llegado a su nivel de base, aunque el tipo de obra y su envergadura, similar a la de los otros casos mencionados, permiten su relación con la ocupación.