El congreso se organiza en cinco grandes áreas temáticas o ponencias:
Técnicas en investigación biogeográfica
Conservación y gestión de las especies y sus hábitats
Biogeografía histórica mediterránea
Biogeografía de las montañas mediterráneas
Biogeografía de los medios litorales y marinos
Cada día del Congreso está dedicado a una de estas cinco ponencias. Como inicio de cada sesión se realizará una relatoría de todos los trabajos enviados y aceptados que plasme las tendencias temáticas y metodológicas dentro de esa línea de investigación.
Un Comité científico valorará las comunicaciones recibidas y aquellas que no cumplan con los requisitos serán devueltas a sus remitentes para que realicen las correcciones indicadas. De cada una de las cinco ponencias, dicho comité seleccionará dos comunicaciones que serán expuestas por sus autores en un tiempo máximo de 20 minutos, dejando 10 minutos para el debate científico. Las comunicaciones no seleccionadas se plasmarán en pósteres que sus autores expondrán en un tiempo máximol de 5 minutos. El Comité científico también seleccionará un póster por cada ponencia que, al igual que las dos comunicaciones elegidas para su defensa, recibirá una mención especial.
Los autores de las comunicaciones no seleccionadas enviarán antes del 20 de junio el póster en formato pdf y en tamaña A4, de este modo se realizará una encuadernación para todos los inscritos en el Congreso que se entregará junto a la publicación del Congreso.
Los pósteres en tamaño original serán colocados por los autores en los lugares indicados a tal efecto por la organización durante la celebración del Congreso. La organización ha determinado que se coloquen los pósteres relacionados con la ponencia de cada día, tal y como se indica en el programa, siendo retirados una vez finalizada dicha sesión.
Todas las comunicaciones aceptadas al Congreso junto a las relatorías y conferencias, inaugural y de clausura, serán publicadas con ISBN; publicación que se entregará al inicio del evento, en la recepción de los inscritos.