El centre i el seu entorn s'usen per a la realització de les activitats docents desenvolupades per la UA, especialment activitats pràctiques. A més, rep a estudiants d'Universitats, especialment de les carreres de Ciències del Mar i Biologia, amb la realització de pràctiques de mar i de laboratori, així com en els nivells de grau i postgrau (Doctorat i Màster).
Cursos formador de formadors (professorat)
S'organitzen des del CIMAR cursos per al professorat (formador de formadors) dirigits a professors d'ensenyament primari i secundària, amb la finalitat que puguen organitzar eixides senzilles a la costa per a aprenentatge dels seus alumnes, així com conèixer la infraestructura educatiu-cultural de l'entorn del Centre d'Investigació Marina (CIMAR) del Cap de Santa Pola, amb visites guiades al port pesquer, llotja, aquari i Reserva Marina de Tabarca.
L'objectiu d'aquests cursos és introduir al professorat no universitari en el coneixement de l'ambient marí, baix diferents aspectes: bàsics (estudi de la flora i fauna litoral, zonació marina) i aplicats (pesca, educació, protecció).
El curs, de caràcter intensiu i pràctic, s'estructura en tres mòduls: coneixement, aplicació/educació i protecció de l'ambient marí.
Jornades i Congressos
Al seu torn, en les instal·lacions del Centre es realitzen congressos i jornades de diversa índole organitzades per diferents entitats i empreses, membres de la comunitat científica, i diferents àrees de l'Ajuntament de Santa Pola.
Congrés Directrius per al desenvolupament sostenible de l'Aqüicultura en el Mediterrani. Amb la col·laboració de l'Associació Empresarial de Productors de Cultius Marins d'Espanya (APROMAR). 28 i 29 de febrer de 2008.
Curse Habilitats directives en el Comerç. Organitzat per l'Agència de Desenvolupament Local de l'Ajuntament de Santa Pola. 9 i 10 de setembre de 2008.
D'igual forma, el Centre acull cursos i tallers a nivell internacional:
Introduction to the Marine Fauna Taxonomy in the Mediterranean Siga. Regional Activity Center for Special Protected Areas (RAC/SPA, PNUMA) a través del Pla d'Acció per al Mediterrani. 18 al 24 de febrer de 2008. Assistents: 16 investigadors (Bòsnia i Hercegovina, Croàcia, Xipre, Egipte, Israel, Líban, Líbia, el Marroc, Montenegro, Síria, Tunísia, Turquia).
Taller sobre Canvi Climàtic i Biodiversitat Marina en el Mediterrani. Organitzat pel Pla d'Acció per al Mediterrani del Pla de les Nacions Unides per al Medi ambient (PNUMA), a través del Centre Regional sobre les Àrees Marines Protegides i Conservació de la Diversitat Biològica (RAC/SPA). Assistència 12 persones (Xipre, Egipte, Espanya, Grècia, Israel, Malta, Tunísia, Turquia).