El CIMAR compta amb instal·lacions acondicionades per a la investigació, com els laboratoris; per a la docència, amb l'aula de pràctiques; i per al desenvolupament d'activitats socioculturals, amb l'aula de conferències i la sala d'exposicions. A més, el centre està dotat amb la infraestructura necessària per al treball en el mar i per a acollir estades llargues en la zona i compta amb una estació sismológica dins de la Xarxa Espanyola de Control Sísmic.
Laboratori d'Investigació i Laboratori de Pràctiques
Els laboratoris d'investigació estan dotats d'infraestructura per als estudis en Oceanografia i Biologia Marina.
El laboratori de pràctiques docents està dotat d'infraestructura per a la realització de classes de caràcter pràctic en l'observació d'organismes marins i costaners, estudi de la columna d'aigua i sediments, geologia, etc.
Sala d'Exposicions
Consta de dues sales, i està concebuda com un espai didàctic-cultural de clara projecció social i cultural, i dirigida a conèixer i divulgar el mitjà marí i costaner. També, podrà acollir mostres i exposicions relacionades amb les finalitats del CIMAR, organitzades per l'Ajuntament de Santa Pola, la Universitat d'Alacant, o en col·laboració amb altres organismes, institucions públiques o privades, sense finalitat lucrativa.
Aula de Conferències
L'aula de conferències disposa de material audiovisual per a la realització de classes teòriques, conferències, seminaris, tallers, etc., amb una capacitat de 75 places.
Àrea de Descans
Està integrada per una cuina i dues habitacions, i condicionada per a allotjament de professors, investigadors i alumnes (màxim nombre de places:16) en la realització d'estades superiors a un dia, i necessitant pernoctar en el centre.