Els objectius de l'estació científica se centren en el desenvolupament i creació de tres línies de treball en investigació, docència i formació, i difusió de la investigació i suport a la gestió dels espais naturals:
Investigació
Recolzar les línies d'investigació pura i aplicada actuals dels Departaments, Instituts Universitaris i grups d'investigació que es desenvolupen en relació a l'entorn dels espais naturals protegits, àrees d'influència del Carrascal de la Font Roja i del Municipi d'Alcoi i territori comarcal circumdant.
Dinamitzar la creació de noves línies d'investigació de la UA d'acord amb les necessitats i prioritats de les entitats implicades en l'estudi, conservació i gestió dels espais naturals.
Promoure la inserció de l'Estació Científica en xarxes de seguiment científic, especialment en estudis a llarg termini, a diferents escales; autonòmica, nacional i internacional.
Docència i formació
Recolzar l'ús de Parc Natural i el seu entorn per al desenvolupament de les activitats docents desenvolupades per la UA, especialment d'activitats pràctiques, seminaris i cursos.
Estimular la creació d'una xarxa docent per a la realització d'activitats pràctiques.
Establir una línia de formació en matèria de gestió ambiental, especialment dirigida a la protecció del mitjà natural.
Divulgació i suport a la gestió d'espais naturals
Dinamitzar les activitats de divulgació en matèries científiques associades a la zona d'influència de l'espai natural, especialment les relatives a l'estudi, conservació, restauració i gestió dels sistemes naturals i humans.
Afavorir transferència de coneixement científic generat per la UA para la seua aplicació en gestió, conservació i millora dels sistemes naturals.
Participar en grups de treball relatius a l'aplicació del coneixement científic en la gestió dels sistemes naturals i en la seua conservació.