A fi de poder cursar amb aprofitament certes assignatures del programa, algunes d'elles inclouen recomanacions relatives a la superació de continguts previs i coneixements inclosos en altres assignatures del mateix camp o àrea temàtica.
D'igual manera, existeixen disciplines amb incompatibilitats entre els diferents nivells de les assignatures en les àrees de noves tecnologies, llengües modernes, salut, ciències experimentals i humanitats. L'alumnat haurà de consultar a aquest efecte la taula de incompatibilitats remesa en l'enviament de matrícula i que també s'exposa en el tauló de la Secretaria Acadèmica i en la web de la Universitat Permanent.
En les assignatures incompatibles, l'alumnat podrà matricular-se en el nivell inferior, però la matrícula en el mateix any acadèmic d'assignatures amb incompatibilitat queda condicionada a la superació del nivell inferior. En qualsevol cas, l'acreditació mitjançant prova específica realitzada pel centre o l'aportació del certificat oficial corresponent de coneixements en la matèria és requisit indispensable per a cursar el nivell superior.