Los objetivos del CIMAR que recogen la filosofía de la creación del centro, pueden concretarse en:
Establecer en el enclave litoral, la infraestructura necesaria para desarrollar la investigación en las diferentes áreas de las Ciencias Marinas, tanto básicas como aplicadas.
Creación de un Centro de Investigación Marina como referente para los equipos de trabajo de la Comunidad Valenciana, nacionales y extranjeros.
Apoyo logístico en la realización de proyectos de investigación, docencia y divulgación de acuerdo a sus fines.
Impartición de cursos y seminarios de carácter local, autonómico, nacional e internacional, referentes al ambiente marino y litoral.
Realización de clases prácticas e itinerarios de la naturaleza y en el medio marino y costero, cuyos destinatarios serán los alumnos de los distintos ciclos.
Divulgación del patrimonio natural, marino y pesquero, dirigida a todos los ciudadanos, en colaboración con entidades públicas y privadas en el Municipio de Santa Pola (Museo del Mar y de la Pesca, el Museo de la Sal, el Acuario Municipal, la Lonja de Pescado, el Puerto, etc.).
Colaboración con las actividades científicas y culturales promovidas por entes públicos y privados (p.e. Cofradía de Pescadores, empresas de acuicultura, pesqueras, etc.) de Santa Pola.
Por lo tanto, los fines del CIMAR se concretan en actividades investigadoras, docentes/formativas y de carácter sociocultural:
a) Actividades investigadoras: Dirigidas a estudiar el ambiente marino y litoral, tanto desde el punto de vista básico como aplicado.
b) Actividades docentes/formativas: Dirigidas a la enseñanza y formación del ambiente marino y litoral, tanto básica como aplicada, en los niveles universitarios y de profesorado.
c) Actividades socio-culturales: Dirigidas a la difusión, conservación y protección, y transferencias de conocimientos del ambiente marino y litoral al público en general, y en particular, de los diferentes niveles de enseñanza (primaria y secundaria).