Des de l'Estació Científica Montgó-Dénia es col·labora activament amb científics de diferents organismes espanyols, europeus i d'altres països, a part de la pròpia Universitat d'Alacant:
Instituto de Salud Carlos III, Madrid.
University of Southampton.
Smithsonian Institution, Estat Units.
Institut de Ciències del Mar-CSIC.
Fundació AZTI.
Fundació Hospital Jiménez Díaz Madrid.
Hospital Clínic de Barcelona.
Universitat Politècnica de València.
Universitat Miguel Hernández d'Elx.
Universitat de Malta.
Universitat de Salento, Itàlia.
Universitat de l'Algarve, Portugal.
São Paulo State University, Brasil.
James Cook University, Austràlia.
Universitat Autònoma de Barcelona.
Els diferents projectes, a més, han comptat amb la col·laboració i/o el cofinançament de: